Organisasi Penjaminan Mutu Universitas 17 Agustus 1945 Samarinda dibentuk pertama kali pada bulan Desember Tahun 2010, melalui SK. Rektor No. 103/SK/2010 tanggal 1 Desember 2010 tentang Lembaga UPT. Sistem Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi (SPMT) dan Audit Mutu Akademik Internal (AMAI), disingkat UPT. SPMPT-AMAI atau dengan nama lain UPT. Penjaminan Mutu.   Selanjutnya pada waktu yang  bersamaan diangkat pula 2 (dua) personil sebagai pengurus yang terdiri dari 1(satu) orang Ketua dan 1(satu) orang Sekretaris.   Pada awal berdirinya UPT. Penjaminan Mutu belum memiliki ruang kerja, baru pada akhir tahun 2011 ditetapkan untuk menempati bekas ruang  kerja Yayasan Pendidikan 17 Agustus 1945 yang terletak didepan ruang Pembantu Rektor I.  Setelah menempati ruang kerja dan dengan peralatan kentor seadanya, mulailah menyusun dokumen-dokumen mutu dan dokumen akademik sebagai bagian dari perangkat membangun system mutu.  Pada bulan Juni 2012 selesai beberapa Dokumen Akademik dan Dokumen Mutu Universitas 17 Agustus 1945 Samarinda, selanjutnya disahkan oleh Rektor pada tanggal 27 Juli 2012 yang terdiri atas; Manual Mutu Akademik, Kebijakan Akademik, Standar Akademik, Peraturan Akademik, Manual Prosedur Implementasi Penjaminan Mutu Akademik Internal, Standar Audit Mutu Akademik Internal dan Manual Prosedur Audit Mutu Akademik Internal. 

Selayaknya dokumen-dokumen ini telah menjadi salah satu rujukan operasional seluruh proses belajar mengajar di lingkungan UNTAG 1945 Samarinda,  tetapi sampai Tahun 2016 ini implementasi system manajemen mutu (SMM) dilingkungan UNTAG 1945 Samarinda ini belum dapat terlaksana secara utuh, sehingga masih dibutuhkan kepedulian semua unsur  pimpinan dilingkungan UNTAG 1945 Samarinda agar SMM dapat diterapkan secara utuh di seluruh program studi.  

Sejak 2 tahun terakhir LPM bersama pimpinan universitas berusaha lebih mengintensifkan sosialisasi SMM pada seluruh unit kerja dilingkungan UNTAG 1945 Samarinda agar secara bertahap dapat menerapkan SMM dilingkungan kerjanya masing-masing.  

Keberadaan Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) perlu terus didukung bersama oleh semua unsur pimpinan dan staf dilingkungan UNTAG 1945 Samarinda agar dapat lebih berperan dalam mengawal proses perjalanan system pendidikan bermutu diperguruan tinggi ini, untuk menghasilkan lulusan yang berkualitas sesuai kebutuhan pembangunan diwilayah ini dan Indonesia pada umumnya.

Sistem pendidikan yang bermutu sudah menjadi kebutuhan yang mendasar saat ini, upaya-upaya agar UNTAG 1945 Samarinda kedepan dapat lebih berkembang dan lebih baik dari sebelumnya, perlu terus digalakkan.  UNTAG 1945 Samarinda perlu  terus berbenah memperbaiki proses belajar-mengajar (PBM) yang sudah berjalan selama ini. LPM UNTAG 1945 Samarinda memfasilitasi, menyiapkan dan mendorong pembangunan system mutu sesuai standar Pemerintah dalam Permenristekdikti No. 44 Tahun 2015 tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi (SNPT), sehingga perlu mendapat dukungan sepenuhnya dari  jajaran manajemen universitas maupun Yayasan Pendidikan 17 Agustus 1945 Samarinda.  

Sasaran yang ingin dicapai dalam upaya-upaya ini tidak lain adalah agar UNTAG 1945 Samarinda dapat terus menghasilkan sarjan-sarjana berkualitas yang unggul, mandiri dan berjiwa kebangsaan sesuai visi yang sudah disepakati.   Sehingga dengan capaian ini diharapkan UNTAG 1945 Samarinda kedepan menjadi salah satu perguruan tinggi yang diperhitungkan sebagai penghasil sarjana yang dapat bersaing dalam memperebutkan peran di tengah masyarakat yang makin berfikir global.